Mặc dù giới khoa học đã rất cố gắng nhưng những phát hiện khảo cổ dưới đây vẫn mãi là những bí ẩn chưa có lời giải đáp.
Paracas Candelabra
Các đường vẽ khổng lồ trên mặt đất có tên Paracas Candelabra rộng 180 và khá gần khu vực của các đường vẽ nổi tiếng Nazca. Tuy nhiên các đường vẽ này nhiều khả năng không phải do người Nazca tạo ra. Thông qua các bình gốm được tìm thấy ở khu vực này có niên đại từ năm 200 trước Công nguyên, dẫn tới khả năng hình vẽ này xuất hiện từ nền văn hóa Paracas. Người ta đã biết ai tạo ra hình vẽ này và từ bao giờ, nhưng lí do họ tạo ra nó vẫn là bí ẩn làm đau đầu giới khảo cổ.
Nhiều người cho rằng nó liên quan tới tôn giáo, vì dân địa phương coi đó là cây trượng của Viracocha, vị thần sáng tạo. Nhiều người khác nghĩ rằng nó có mục đích thực tế hơn. Paracas Candelabra được khắc trên một ngọn đồi. Góc độ và kích thước của nó giúp người ta có thể thấy từ cách xa từ 20km, từ tận ngoài biển. Điều đó khiến nhiều người tin rằng nó được dùng làm vị trí định vị cho các thủy thủ.
Tuy nhiên, lí do thật sự mà những hình vẽ này được tạo ra vẫn là bí ẩn làm đau đầu giới khảo cổ.
Cuốn sách vải lanh của Zagreb
Đây là cuốn sách dài nhất được viết bằng ngôn ngữ Etruscan. Ngôn ngữ này có dấu ấn lớn với thế giới nhờ ảnh hưởng của nó với tiếng Latin, nhưng ngày nay nó đã bị quên lãng. Chỉ có một vài thư tịch cổ đại sử dụng nó, do đó cuốn sách Zagreb vẫn chưa được dịch cho tới ngày nay. Từ những gì thu thập được trong sách, đây có vẻ là cuốn lịch tế lễ, dù trước đó người ta cho rằng nó mô tả các nghi lễ trong đám tang.
Điều đáng ngạc nhiên là cuốn sách tồn tại suốt từ thế kỉ thứ 3 trước Công nguyên tới nay. Rất hiếm khi sách vải lanh có thể tồn tại lâu như vậy, nhưng có một lời giải thích xác đáng cho việc này. Cuốn sách này còn tồn tại vì nó được người Ai Cập cắt ra thành từng mảnh và bọc xác ướp. Điều đó khiến cuốn sách được bảo quản trong điều kiện rất tốt, nhưng đồng thời khiến nó không được nghiên cứu trong thời gian dài. Ngay cả khi được tìm thấy, hầu hết mọi người đều cho rằng các chữ đó là tiếng Ai Cập.
Tảng đá White Shaman
Các nền văn minh cổ đại châu Mỹ vẫn giữ rất nhiều bí mật. Một trong những cách để giải mã chúng là nghiên cứu các bức tranh trên đá. Gần sông Pecos (Texas, Mỹ) có một trong những bức tranh trên đá cổ và quan trọng nhất - bức tranh White Shaman. Đó là bức tranh rộng 7m với tuổi thọ hơn 4000 năm. Nó cho biết thông tin về một tôn giáo cổ đã bị quên lãng.
Có nhiều tranh cãi về ý nghĩa của bức tranh. Hầu hết các nhà khảo cổ đều đồng tình rằng bức tranh mô tả 5 hình người trong chiến đấu hoặc trong nghi lễ trước trận chiến. Tuy nhiên, một nhà khảo cổ cho rằng đó là hình mô tả con người đang liên hệ với thế giới tâm linh.
Cái chết của Alexander Đại đế
Dù là một trong những con người nổi tiếng và được ghi chép nhiều nhất trong thế giới cổ đại, vẫn có rất nhiều bí ẩn xung quanh cái chết của ông. Hầu hết các chuyên gia đều đồng tình về thời gian và địa điểm - Ngày 10/6 năm 323 trước Công nguyên, tại cung điện của Nebuchadnezzar II ở Babylon. Tuy nhiên nguyên nhân cái chết của ông vẫn còn là bí ẩn.Trong thời gian rất dài, người ta cho rằng Alexander bị đầu độc. Những người bị nghi ngờ bao gồm tướng lĩnh, vợ ông, em trai và nhiều người khác. Người ta chỉ biết rằng Alexander đột ngột ốm và liệt giường 2 tuần với các cơ sốt cao cùng chứng đau bụng trước khi chết.
Nhưng có khả năng cái chết của ông là do bệnh tật thay vì bị hãm hại. Vẫn còn rất nhiều giả thuyết được đưa ra để giải thích các triệu chứng: Viêm gan siêu vi, viêm tụy, viêm nội tâm mạc hoặc tất cả các bệnh trên. Các giả thuyết gần đây cho rằng ông bị nhiễm bệnh truyền nhiễm như thương hàn hay sốt rét. Bí ẩn hơn nữa là cái chết của ông đã từng được dự đoán bởi Chaldeans, người cảnh báo rằng ông sẽ chết nếu tới Babylon. Không chỉ có vậy, nhà triết học Ấn Độ Calanus, người đi cùng quân đội của Alexander, trước khi chết đã hẹn gặp vị vua trẻ tại Babylon, dù đội quân khi đó không hề hướng tới thành phố này.
Tấm bảng đá ngọc lục bảo
Tấm bảng ngọc lục bảo là vật bí ẩn nhất vì nó không còn tồn tại. Người ta không biết ai tạo ra nó cũng như vị trí của nó. Thậm chí không ai biết nó trông như thế nào. Tất cả những gì người ta biết là tài liệu đầu tiên nhắc tới tấm bảng này nằm trong cuốn sách Ả-rập cổ xuất bản giữa thế kỉ thứ 6 và 8. Bản dịch tiếng Ả-rập cho rằng đoạn văn được viết bằng ngôn ngữ Syriac cổ. Bản dịch Latin xuất hiện vào thế kỉ 12, và nhiều bản dịch khác đã ra đời sau đó, bao gồm một bản của Sir Isaac Newton.
Đoạn văn được coi là văn bản quan trọng nhất trong ngành hóa học. Nó được đề cao nhờ mang thông tin về hòn đá triết học kì bí, chất có thể biến kim loại thành vàng. Nhưng chưa ai có thể sử dụng thành công tấm bảng ngọc lục bảo này để đạt được thành tựu trên.