Một số công ty cho rằng nguy cơ xâm phạm bản quyền mã mở chỉ là đề tài mang tính lý thuyết bởi chưa hề có một vụ kiện nhà phát triển hay người sử dụng vi phạm nào từng được biết từ trước đến nay.
Tuy nhiên, nhiều người khẳng định những vụ tranh chấp pháp lý như thế đã xảy ra nhưng luôn được ấn định thông qua thỏa thuận trong vòng bí mật. Để tăng tính tin cậy cho tuyên bố này, tổ chức OSRM (Open Source Risk Management) năm 2004 đã thực hiện một nghiên cứu và xác định 283 mẫu mà nhân Linux đã xâm phạm bản quyền. 1/3 trong số đó do IBM sở hữu và số còn lại thuộc về nhưng tập đoàn khác, gồm cả HP và Cisco.
Kết quả nghiên cứu đã gây xôn xao Hội thảo LinuxWorld tại San Francisco (Mỹ) tháng 8 vừa qua. Tuy vậy, OSRM từ chối công khai những 283 mẫu này khiến việc thẩm tra kết quả khảo sát là vô cùng khó khăn. Ngược lại, OSRM cho rằng họ không thể tiết lộ bởi chúng chỉ vi phạm một cách không cố ý và tình hình sẽ hoàn toàn thay đổi khi người ta đã biết một mẫu nào đó xâm phạm bản quyền.
IBM là hãng hậu thuẫn chính của Linux và đã luôn đầu tư cung cấp dịch vụ cố vấn cho khách hàng chuyển đổi sang Linux. Nhận thấy vấn đề sẽ có ảnh hưởng đến kinh doanh Linux, Nick Donofrio, Phó giám đốc công nghệ và sản xuất của IBM, nhanh chóng khẳng định: "Tôi có thể đảm bảo rằng tập đoàn không hề có ý định sử dụng mẫu sáng chế của nó để chống lại nhân Linux".
Trong tháng 1, công ty đã công bố tài liệu hợp pháp cần thiết để đảm bảo ít nhất 500 mẫu sáng chế của họ không đối lập với phần mềm mã mở chính thức. Sun Microsystems cũng cam kết cho 1.670 mẫu hỗ trợ chứng chỉ phân phối và phát triển mã mở CDDL vào tháng 2.
Nhưng tổ chức phần mềm miễn phí (FSF) đã đả kích hãng sản xuất server rằng đó chỉ là.sự hào phóng "rất hạn chế" đối với CDDL. Như đổ thêm dầu vào lửa, Scott McNealy, Giám đốc điều hành của Sun, tuyên bố biết ông sẽ không nới rộng các mẫu đã đăng ký và cũng không thể loại trừ nguy cơ hồ sơ sáng chế của Sun sẽ vô tình chống lại Linux bởi “Sun đã cam kết với các cổ đông sẽ thúc đẩy và bảo vệ bản quyền sở hữu trí tuệ”.
Động thái của Sun đã tạo ra một nên hiệu ứng phụ và kéo dài cuộc tranh cãi về chứng chỉ mã mở. Martin Fink, nhân vật có ảnh hưởng lớn đến Linux thuộc tập đoàn HP, hồi tháng 2 đã yêu cầu tổ chức chịu trách nhiệm về sáng chế mã mở OSI (Open Source Initiative) thay đổi quy trình phê chuẩn. “Việc thông qua một chứng chỉ dựa trên sự tuân theo các chuẩn, thay vì trên khả năng ảnh hưởng đối với các mẫu kinh doanh mã mở tương lai, sẽ gây nguy hiểm cho mọi mô hình nguồn mở", Fink nhận định. "Nếu đây là con đường mà OSI tiếp tục lựa chọn, nó sẽ chỉ dẫn đến sự không tương ứng, không phù hợp".
OSI đã để tâm tới những lời đề nghị này, chỉ định Giám đốc công nghệ của Red Hat làm Giám đốc OSI và hiện trong quá trình nghiên cứu, cải tổ lại quy trình phê chuẩn.