Hôm 15/1/2011, tờ Thời báo New York (NYT) cho biết, sâu Stuxnet đã được Israel và Mỹ cùng nhau tạo ra nhắm vào chương trình hạt nhân của Iran.
Trích dẫn các nguồn tin mật, NYT khẳng định, cơ sở hạt nhân bí mật của Israel tại Dimona đã được sử dụng để thử nghiệm hiệu lực của sâu Stuxnet trên các máy ly tâm giống như những máy ly tâm Iran triển khai tại khu liên hợp Natanz, và từng bị các vấn đề kỹ thuật làm cản trở.
NYT đưa ra giả thuyết virus được thiết kế như một dự án Mỹ-Israel để phá hoại chương trình của Iran.
Lần đầu tiên Stuxnet bị đưa ra ánh sáng là hồi tháng 6/2010 nhưng có thể nó đã nhắm vào Iran từ giữa năm 2009. Stuxnet đã được nhiều nhà nghiên cứu bảo mật phân tích, đáng chú ý nhất là đội 3 người tại Symantec và nhà nghiên cứu Ralph Langner của công ty Langner Communications GmbH (Đức).
Theo cả Symantec và Langner, Stuxnet rất có thể được thiết kế để thâm nhập vào chương trình làm giàu hạt nhân của Iran, ẩn trong nhều hệ thống điều khiển SCADA (supervisory control and data acquisition) vận hành các cơ sở của Iran, sau đó ép động cơ máy ly tâm quay ở tốc độ không an toàn. Các máy ly tâm (được sử dụng để làm giàu uranium) có thể bị hỏng nếu quay quá nhanh.
Vào ngày 29/11/2010, Tổng thống Iran Mahmoud Ahmadinejad đã thừa nhận rằng một số lượng máy ly tâm "hữu hạn" đã bị ảnh hưởng bởi các phần mềm mà ông khẳng định là đã bị những kẻ thù của đất nước cài đặt. Đây là lần đầu tiên một quan chức Iran thừa nhận sâu đã tấn công máy làm giàu uranium của nước mình.