Các loại đậu đỗ nói chung có lớp vỏ mỏng nên khả năng bảo vệ kém, lại chứa nhiều protein và chất béo (2 - 20%) nghĩa là những chất dễ phân giải. Mặt khác đậu đỗ lại là nguồn thức ăn rất tốt cho vi sinh vật và côn trùng phá hoại mạnh, rất dễ bị mốc, oxy hoá, lượng axit béo tăng lên, phẩm chất của đậu đỗ giảm xuống. Nếu thuỷ phần của hạt 15 - 16% và bảo quản trong điều kiện nhiệt độ cao sẽ rất dễ dẫn đến hiện tượng tự bốc nóng.
Nếu trong khối hạt lẫn nhiều tạp chất hoặc sâu hại nước nghiêm trọng thì khả năng biến chất của hạt tương đối lớn. Từ sự biến hoá hình thái của hạt có thể nhận ra mức độ biến chất của hạt. Ví dụ nếu thuỷ phần của hạt là 13%, ở nhiệt độ cao 20 độ C có thể quan sát thấy màu sắc của tử diệp đậm. Còn nếu bộ phận hạt không chín đều, thuỷ phần 13% và ở nhiệt độ bảo quản là 23 độ C thì mặt sau tử diệp màu phớt hồng.
Đối với hạt đậu đỗ người ta áp dụng phương pháp bảo quản kín hoàn toàn là tốt nhất.
Để khống chế những hiện tượng biến chất của hạt cần phải chú ý những yếu tố sau đây:
- Thuỷ phần: Phải luôn luôn giữ cho thuỷ phần của đậu đỗ ở giới hạn < 12% thấp hơn các loại hạt chứa nhiều tinh bột như thóc, gạo. Nếu như thuỷ phần vượt quá 12% ví dụ ở mức độ là 14% thì hạt bị mềm, tỷ lệ axit béo tăng nhanh, có mùi chua, mốc...
- Nhiệt độ khối hạt giữ ở mức độ bình thường, nếu cao quá sẽ làm phẩm chất giảm. Do vỏ hạt mỏng và dễ bị nứt, nên khi phơi cần tránh ánh nắng buổi trưa quá mạnh nên có thể phơi trong bóng mát, tốt nhất là sau khi thu hoạch phơi cả cây thì hạt đậu được bảo vệ bởi vỏ quả không dễ phát sinh hiện tượng nứt.
- Độ nguyên vẹn của hạt và độ chín của hạt phải đảm bảo đúng tiêu chuẩn loại bỏ hạt xanh lép, vỡ...
Nói chung đối với hạt đậu đỗ người ta áp dụng phương pháp bảo quản kín hoàn toàn là tốt nhất; cách bảo quản tương tự như khi bảo quản khoai và sắn.
Khi nhiệt độ không khí không vượt quá 15 độ C thì căn cứ vào thuỷ phần khác nhau của hạt mà có thể xếp hạt như sau:
- Nếu thuỷ phần của hạt < 12% để hạt rời có độ cao 1,5 m, để trong bao và xếp 8 tầng.
- Nếu thuỷ phần từ 12 - 14% để hạt rời cao 1,0 m và đóng bao 6 tầng.
- Nếu thuỷ phần từ 14 - 16% để hạt rời cao 0,7 m và đóng bao 4 tầng.
- Nếu thuỷ phần từ > 16% để hạt rời cao 0,5 m và đóng bao 2 tấng.
Về mùa hè do thời tiết nóng nực nên độ cao hạt để rời nên giảm đi 1/3 và số tầng bao không quá 2 tầng bao. Với lượng hạt ít có thể dùng chum vại có lót tro bếp để hút ẩm, bỏ đậu vào và đậy kín. Không nhập kho lúc nóng.
Theo tài liệu nghiên cứu của Trung Quốc thì đậu nành nhập kho khi hạt nguội sau 10 tháng tỷ lệ nẩy mầm trên 50%. Nếu nhập kho lúc nóng thì tỷ lệ nẩy mầm chỉ còn 4%.
Nếu sử dụng các vật dụng bảo quản thông thường như chum, vại, thùng thì cần khử trùng vật dụng, đưa hạt vào chum, thùng chứa rồi phủ một lớp lá xoan khô trên khối hạt hoặc có thể trộn bột lá xoan khô với đậu khi bảo quản rồi đậy kín miệng chum, thùng.
Tốt nhất nên chọn mua bao plastic chất lượng cao chuyên dùng để bảo quản hạt nông sản. Đây là vật dụng tiến bộ dùng để bảo quản nhiều loại hạt như ngũ cốc, cà phê… đảm bảo giữ được hạt trong thời gian dài.
Loại bao này được làm từ loại chất dẻo đặc biệt và phù hợp với việc bảo quản nông sản. Các bao ngăn không cho oxy và nước từ không khí bên ngoài thâm nhập vào hạt. Khi bao được buộc kín, sự hô hấp của hạt và côn trùng trong bao làm giảm lượng oxy xuống dưới 5% nên côn trùng nếu có sẽ bị chết.