Đặc khu 51 không phải là nơi duy nhất che giấu các hoạt động bí mật của các quốc gia. Trên thế giới còn có rất nhiều căn cứ quân sự bí mật vào bậc nhất hành tinh mà rất ít người biết đến.
Trung tâm nghiên cứu Khoa học Hạt nhân Yongbyon
Đây là một cơ sở hạt nhân lớn của Bắc Triều Tiên, tọa lạc tại huyện Yongbyon, cách thủ đô Bình Nhưỡng 103 km về phía Bắc. Được xây dựng từ năm 1979 nhưng đến năm 1985 BTT mới thông báo về sự tồn tại của lò phản ứng này. Ngày 18/7/2007, IAEA xác nhận rằng tất cả các cơ sở hạt nhân ở Yongbyon đã đóng cửa. Đổi lại, Bắc Triều Tiên sẽ nhận được trợ giúp 50.000 tấn dầu nhiên liệu thông qua vòng đàm phán 6 bên. Đến tháng 4/2009, Bình Nhưỡng chính thức tẩy chay vòng đàm phán này, tuyên bố họ đã nối lại hoạt động tái tạo các thanh nhiên liệu đã qua sử dụng để sản xuất pluton.
Căn cứ quân sự Pine Gap
Căn cứ quân sự Pine Gap nằm ở phía đông nam thành phố Alice Springs, miền trung nước Úc, được xây dựng vào năm 1967 sau thỏa thuận Pine Gap về quân sự và tình báo được ký kết giữa hai Chính phủ Úc và Mỹ.
Khu quân sự này có hàng loạt các công trình ngầm nằm sâu dưới lòng đất, trong số đó phải kể đến Trung tâm tiếp nhận, xử lý tín hiệu từ vệ tinh có diện tích 5.600m2 nằm sâu 20m dưới mặt đất. Thế nhưng, trái tim của Pine Gap lại là một nhà máy điện hạt nhân, cũng nằm sâu dưới mặt đất, sản xuất năng lượng không chỉ để cung cấp cho toàn bộ hoạt động của căn cứ Pine Gap, trong trường hợp bị đối phương tấn công, mà còn tiếp năng lượng cho các lò phản ứng trên các tàu ngầm hạt nhân của Hải quân Mỹ. Tuy hiện diện suốt một thời gian dài trên lãnh thổ Úc, nhưng chính phủ nước này không có quyền kiểm soát hoạt động của Pine Gap, ngoại trừ việc được chia sẻ các thông tin tình báo mà căn cứ Pine Gap thu thập được.
Để bảo vệ căn cứ Pine Gap, Bộ Quốc phòng Mỹ đã cho xây dựng đến hai vòng hàng rào bằng kim loại cao 4m, các đường dành cho xe quân sự tuần tra suốt ngày đêm cùng 2 đại đội gồm 160 lính sử dụng đến 10 trực thăng chiến đấu bảo vệ từ trên không và mặt đất.
Cơ sở hạt nhân Al Kibar
Al Kibar bị nghi ngờ là một cơ sở hạt nhân bí mật của Syria nằm ở một vùng sa mạc hẻo lánh của nước này. Tình báo Israel đã nắm thông tin về các hoạt động bí mật tại đây sau khi đánh cắp dữ liệu từ một chiếc máy tính xách tay của một quan chức cấp cao Syria. Người đứng đầu Syria khẳng định rằng Al Kibar chỉ là một khu vực quân sự thông thường. Họ đã chủ động mời các thanh sát viên của IAEA đến kiểm tra. Tuy nhiên, một tờ báo Đức đã dẫn nguồn tin tình báo cho rằng ở Al-Kibar có một lò phản ứng hạt nhân được xây dựng theo một dự án chung giữa Iran, Syria và Bắc Triều Tiên. Iran dùng lò phản ứng tạm này để chế tạo một quả bom hạt nhân trước khi chế tạo hàng loạt tại Iran.
Trung tâm ECHELON tại Menwith Hill
Cơ quan An ninh Quốc gia Hoa Kỳ (NSA) là cơ quan thu thập các tin tức tình báo được cho lớn nhất thế giới. Mặc dù được biết đến như là tổ chức có số nhà toán học làm việc lớn nhất, có số lượng siêu máy tính lớn nhất, nhưng thông tin về NSA hầu như không được biết đến cho tới tận những năm đầu của thế kỷ 21.
Trong một thời gian dài, ngay cả việc NSA tồn tại cũng không được chính phủ Hoa Kỳ chính thức thừa nhận. NSA cùng với các cơ quan tương đương của Anh, Canada, Úc và New Zealand được cho là đã vận hành một hệ thống có tên là ECHELON.
Hệ thống này bị nghi ngờ là có khả năng giám sát phần lớn các luồng thông tin điện thoại, fax và số liệu dân sự trên phạm vi toàn thế giới. Trung tâm quan trọng nhất của ECHELON được đặt ở một trạm của Không quân hoàng gia Anh (RAF) tại Menwith Hill.
Nhà máy năng lượng nguyên tử Bushehr
Là một cơ sở phát triển năng lượng hạt nhân bí mật ở khu vực Trung Đông. Phần lớn thông tin về các hoạt động của nhà máy năng lượng nguyên tử Bushehr của Iran vẫn hạn chế đối với nước ngoài. Từ khi nhà máy này đi vào hoạt động, nó đã bị nghi ngờ có khả năng sản xuất các nguyên liệu hạt nhân được dùng để chế tạo vũ khí hạt nhân. Iran đã chịu sức ép từ IAEA và cộng đồng thế giới về việc cho phép một cuộc thanh sát toàn diện, tuy nhiên đất nước sản xuất dầu lớn hàng thứ 2 trong OPEC này đã kịch liệt bác bỏ những cáo buộc của phương Tây rằng nước này đang tìm cách phát triển vũ khí nguyên tử và rằng Tehran chỉ muốn sản xuất điện mà thôi.
Trung tâm nghiên cứu hạt nhân Negev
Nằm giữa vùng sa mạc Negev của Israel, cơ sở nghiên cứu hạt nhân này được xây dựng từ năm 1958, nhưng sự tồn tại cũng như hoạt động của nó chưa bao giờ được chính phủ Israel xác nhận. Israel cũng từ chối mọi yêu cầu tiếp cận khu vực này của Cơ quan Năng lượng Nguyên tử Quốc tế IAEA, nhưng lại cho phép Mỹ tiến hành các cuộc thanh tra. Năm 1986, một nhân viên từng làm việc tại Negev đã tiết lộ với báo chí về các hoạt động đã và đang diễn ra tại trung tâm này, và cũng vì thế ông này đã trở thành đối tượng truy nã và cầm tù của chính phủ nước này vì tội bội tín và gián điệp.
Căn cứ Site R
Nằm ẩn sâu trong rặng núi Raven Rock ở bang Pennsylvannia là một căn cứ quân sự bí mật được biết đến với tên gọi Site R. Cái tên mang đầy bí ẩn này cũng chưa phải là điều bí ẩn duy nhất của nơi này. Nó được cho là có một khu nhà 6 tầng nằm dưới lòng đất, một hồ chứa nước, và những cánh cửa thép khổng lồ. Trung tâm này là căn cứ của trung tâm thông tin liên lạc chỉ huy dự phòng của chính phủ Mỹ kể từ năm 1951, tuy nhiên chính quyền Mỹ chưa bao giờ công khai sự tồn tại của Site R.
Giống như Cheyenne, Site R được thiết kế để có thể tự túc cho 30 ngày sau khi một cuộc tấn công hạt nhân. Một điều đáng chú ý là điện thoại di động và các thiết bị GPS không thể hoạt động gần căn cứ Site R. Điều này cho thấy cso một hệ thống ngăn chặn những người trong khu căn cứ giao tiếp hay điều phối trong các vùng lân cận.