Trong khi mẫu ADN của Rùa Hồ Gươm vẫn chưa được công bố, đã có nhiều ý kiến khác nhau về cách đặt tên cho Rùa Hồ Gươm.
Từ năm 2000, đã có nhiều công trình nghiên cứu, đặt tên cho Rùa Hồ Gươm. Tạp chí Khảo cổ học số ra vào tháng 4/2000 công bố Cụ Rùa Hồ Gươm với tên Rafetus leloi (Rùa Le Loi). Đây là loài rùa nước ngọt lớn nhất thế giới và là loài rùa thứ 5 có ở Việt Nam. Đồng thời đây là loài rùa thứ 23 trên thế giới.
Người có công nghiên cứu và đặt tên như vậy là PGS.TS Hà Đình Đức, với dụng ý dùng tên Lê Lợi làm danh pháp.
Tuy nhiên, tên gọi trên không được cộng đồng thế giới công nhận. Họ cho rằng, Rùa Hồ Gươm thuộc chủng loại Rafetus swinhoei của lưu vực Trường Giang và Hồng Hà (Sông Hồng).
Ông Tim McComarck, Giám đốc chương trình bảo tồn Rùa châu Á (ATP) dẫn chứng, trên thế giới hiện chỉ còn 4 cá thể Rùa Hồ Gươm: hai con ở sở thú Trung Quốc và hai đang ở Việt Nam, theo tên quốc tế là Rafetus swinhoei.
Sách đỏ VN (NXB KHTN, Hà Nội 2000, trang 232) đặt tên Rùa Hồ Gươm là Pelochelys cantoris thuộc họ ba ba, hình thái giống ba ba, song rất lớn...
Có nhiều người cho rằng không nên gọi là rùa mà là con giải. Thực sự trong tiếng Trung Quốc, người ta gọi con này là Ban Miết. Người xưa thường gọi nó trong thi ca là Lại Đầu Ngoan (ba ba chốc đầu). Do đó, khi chuyển ngược lại tiếng Hán, loại rùa da trơn có vỏ mai mềm (Miết, Ngoan) này không được xếp vào hàng tứ linh của các loài Long, Lân, Quy, Phụng vì nó không phải là Quy về mặt danh xưng.
Loài rùa này thời xưa sống ở lưu vực Trường Giang và Hồng Hà (Sông Hồng) phía bên Trung Quốc và cả Việt Nam. Khi dịch sang tiếng Anh, người ta gọi là rùa Thượng Hải vì thời xưa được nuôi thả trong các ao hồ thuỷ tạ ở Tô Châu, Hàng Châu lưu lại dấu ấn trong sử sách. Chính vì tiếng Anh đã gọi là rùa Thượng Hải, hay rùa Trung Hoa.
Tài liệu nghiên cứu của Giáo sư Lê Trần Bình (Viện Công nghệ sinh học) cùng đồng sự công bố năm ngoái lại miêu tả, Cụ Rùa Hồ Gươm có mai mềm, đầu tù, kích thước khổng lồ (dài khoảng 2m). Cụ có móng vuốt sắc nhọn, trên đầu có bớt trắng. Bớt này dài khoảng 4cm và cho đến bây giờ qua hàng nghìn bức ảnh khác nhau, luôn luôn thấy cái bớt đó. Điều đó chứng tỏ, chỉ còn một Cụ duy nhất đang tồn tại ở Hồ Gươm.
Theo ông Bình, qua phân tích cái mẫu gene của tiêu bản Rùa trong đền Ngọc Sơn và trong chùa Hưng Ký cùng một số loài tìm thấy ở thuộc miền Bắc Việt Nam cho thấy không có mẫu gene giống như giải Thượng Hải.
Tài liệu nghiên cứu của giáo sư Bình và cộng sự đưa ra kết luận, Rùa Hồ Gươm và Cụ rùa Đồng Mô còn sống hiện nay, hay những cá thể rùa đã được ghi nhận ở những khu vực đầm hồ khác thuộc miền Bắc Việt Nam đã được ghi nhận là một loài mới, thực tế chỉ tìm thấy ở Việt Nam và vì thế nên gọi là: Rùa mai mềm nước ngọt khổng lồ Việt Nam. Các cách gọi khác như: rùa, ba ba lớn... có sự lẫn lộn giữa tiếng Hán, Nôm và giữa các địa phương với nhau dẫn đến sự hiểu lầm.
Giáo sư Bình đề nghị nên đặt tên rùa lớn mai mềm của Việt Nam là Rafetus vietnamensis.