Theo Cục Kiểm soát ô nhiễm (Tổng cục Môi trường), mưa lũ tại các tỉnh miền Trung đã gây thiệt hại rất lớn về người và tài sản. Những vùng bị ngập lụt, môi trường bị ô nhiễm nặng ảnh hưởng đến sức khỏe của nhân dân.
Nguồn gây ô nhiễm chủ yếu do phân, rác, nước thải, bãi thu gom, tập kết xử lý chất thải rắn, kho chứa hóa chất, kho chứa thuốc bảo vệ thực vật... bị cuốn chung vào nguồn nước.
Các công trình xử lý nước thải, hệ thống thoát nước thải bị phá hủy làm cho phân, rác, nước thải tồn đọng từ các nhà vệ sinh, hệ thống cống rãnh, chuồng trại chăn nuôi tràn trực tiếp ra môi trường.
Cây cối, hoa màu bị chết vì bị ngâm trong nước lâu ngày; xác chết của một số loài động vật, gia súc, gia cầm làm phát sinh dịch bệnh cho người và gia súc gia cầm.
Hơn nữa, đợt mưa lũ này xảy ra trong giai đoạn giao mùa giữa mùa Hè và mùa Thu nên dễ bùng phát dịch bệnh.
Để phòng chống ô nhiễm môi trường và đảm bảo sức khỏe cho nhân dân trong và sau mưa lũ, Cục Kiểm soát ô nhiễm khẩn trương triển khai các biện pháp xử lý ô nhiễm môi trường tại vùng bị ngập lụt.
Cục cũng đã khuyến cáo nhân dân tích cực khơi thông cống rãnh thoát nước và thu gom các loại chất thải rắn để xử lý hợp vệ sinh; chôn lấp xác gia súc, gia cầm chết cách xa các nguồn nước, giếng nước, nhà dân và dùng vôi bột để tẩy uế theo quy trình hướng dẫn của ngành thú y.
Các địa phương phun thuốc khử trùng, diệt bọ gậy, các loại ruồi muỗi để phòng chống các loại dịch bệnh phát sinh sau mưa lũ. Phòng Tài nguyên Môi trường phối hợp với Trung tâm y tế dự phòng hướng dẫn cho nhân dân thực hiện ăn chín, uống sôi, đảm bảo vệ sinh, an toàn thực phẩm; tăng cường kiểm tra an toàn thực phẩm trên địa bàn sau lũ lụt.
Quỹ Bảo vệ Môi trường Việt Nam hỗ trợ đợt 1 gồm 1 tỷ đồng cho tỉnh Quảng Bình, 500 triệu đồng cho tỉnh Hà Tĩnh, 400 triệu đồng cho tỉnh Quảng Trị và 200 triệu đồng cho Thừa Thiên Huế.
Sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh đã hướng dẫn các huyện, thành phố, các địa phương trong tỉnh nhiều biện pháp xử lý như hướng dẫn nhân dân sửa chữa các giếng nước, bể chứa nước và tiến hành để lắng lọc bằng thủ công nhằm giảm thiểu độ đục.
Các hộ gia đình dùng Cloramin B theo hướng dẫn của ngành y tế để khử trùng nước sinh hoạt trước khi sử dụng.
Các công trình công cộng như trạm xá, bệnh viện, trường học, trụ sởa làm việc, đường làng, ngõ xóm và từng nhà dân dọn dẹp cây xanh bị đổ ngã tại các nơi bị thiệt hại do lũ lụt, gió lớn gây ra.
Các huyện, thành phố ven biển tập trung dọn vệ sinh sạch các bãi tắm, cửa sông, bờ biển; huy động lực lượng để tập trung khắc phục các sự cố môi trường, sạt lỡ đất, sạt lở đường sá, chống cát chảy gây lấp ruộng đất canh tác.