Thủ tướng giao Bộ Tài chính bố trí kinh phí đào tạo cán bộ ở nước ngoài cho Chương trình thông qua Bộ Giáo dục và Đào tạo (Đề án "Đào tạo cán bộ tại các cơ sở nước ngoài bằng ngân sách nhà nước").
Ngoài ra, bố trí 591 triệu đồng từ nguồn kinh phí chi sự nghiệp kinh tế năm 2006 đã được Thủ tướng Chính phủ giao chưa phân bổ cho Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để mua trang thiết bị cho Văn phòng Chương trình và chi hoạt động của Ban Điều hành Chương trình công nghệ sinh học nông nghiệp.