Theo điều tra của Cục Quản lý tài nguyên nước, Tài nguyên nước ngầm của Việt Nam dồi dào, tổng trữ lượng có khả năng khai thác khoảng 60 tỷ m3/năm, nhưng mới chỉ có khoảng 5% số này được khai thác. Riêng tại 2 khu vực thành phố Hà Nội và Đồng bằng sông Cửu Long, nước ngầm đang bị khai thác quá mức, dẫn đến sụt giảm mực nước ngầm nghiêm trọng và gây ra các hiện tượng sụt lún đất, nhiễm mặn, các dạng ô nhiễm nguồn nước ở hầu hết các địa phương.
Cục Bảo vệ môi trường cho biết nguồn nước tại hạ lưu các sông Nhuệ, Đáy, Đồng Nai-Sài Gòn đã ô nhiễm đến mức báo động. Bình quân mỗi ngày hệ thống sông Đồng Nai-Sài Gòn tiếp nhận khoảng 111.600m3 nước thải từ các khu công nghiệp, khu chế xuất, trong đó chưa hàng chục tấn hoá chất gây ô nhiễm vượt quá tiêu chuẩn cho phép. Lưu vực 2 sông Nhuệ, Đáy cũng chịu tải khoảng 80.000 m3 nước thải/ngày đêm của các cơ sở sản xuất địa phương xả trực tiếp ra.
Hầu hết nước thải đô thị đều chưa được xử lý khi xả ra môi trường và chỉ có khoảng 4,3% nước thải công nghiệp trong cả nước đảm bảo tiêu chuẩn môi trường sau xử lý. Một nguy cơ lớn nữa là sự cố tràn dầu tại các khu vực cảng biển đang gây áp lực đối với các cơ quan bảo vệ môi trường từ Trung ương đến địa phương nếu không có biện pháp giải quyết an toàn.