Thực vật thường xuyên phải đối mặt với các cuộc tấn công từ nấm, vi khuẩn, côn trùng (rệp, sâu bướm, châu chấu,…) và động vật ăn thực vật (gấu trúc, voi,…). Tất cả đều xem thực vật là một nguồn thức ăn giàu dinh dưỡng.
Đầu tiên là các phương pháp phòng vệ vật lí trên bề mặt. Thân cây thường được bao bọc bởi lớp vỏ chứa nhiều lignin nên thường cứng, rất khó nhai và còn có công dụng ngăn chặn mầm bệnh xuyên qua. Lá được bảo vệ bởi lớp vỏ sáp miễn nhiễm với côn trùng và vi sinh vật.
Tuy bất động nhưng không bất lực, thực vật cũng tự trang bị cho mình hàng loạt các bộ phận có thể gây sát thương như gai, kim, móc để cảnh báo và làm chùn bước và khiến chúng trở nên kém hấp dẫn hơn trong mắt những loài ăn thực vật lớn.
Để xử lý các loài côn trùng nhỏ, một số cây có những kim, móc nhọn và mảnh như lông. Cây đậu thận có các móc nhỏ để đâm vào chân rận và các loài côn trùng khác. Ở một số loài, lông còn có thể phát ra một hợp chất gồm Histamine và các chất độc khác gây ngứa, đau và bỏng khi chạm vào.
Một số loài thực vật khác như rau chân vịt, quả kiwi, dứa, hoa vân anh và cây đại hoàng đều được trang bị vô số kim nhọn li ti gọi là Raphide. Những kim nhọn này có thể gây đau rát với các tổn thương nhỏ trong miệng của động vật khi ăn phải.
Cây mắc cỡ có một cơ chế tự vệ đặc biệt khác. Bộ phận nhận tín hiệu vật lý chuyên biệt cảm nhận tiếp xúc và truyền tín hiệu từ phiến lá tới cuống lá làm cho những tế bào cuống lá giải phóng các ion, từ đó khiến các tế bào mất nước, héo đi, đóng lá lại. Cơ chế này khá hữu ích vì hoạt động gấp lá sẽ đuổi côn trùng đi và lá héo trông không hấp dẫn đối với động vật cỡ lớn.
Nếu những phương pháp tự vệ bên ngoài không hiệu quả thì hệ thống miễn dịch của cây sẽ được vận hành. Khi nhận ra sự có mặt của vi khuẩn hoặc côn trùng xâm nhập, hệ miễn dịch sẽ khởi động cơ chế tự vệ. Để tránh mầm bệnh lan truyền vào trong cây, lớp sáp bên ngoài dày lên và màng tế bào trở nên chắc chắn hơn, các khí khổng trên lá đóng lại.
Nếu vi khuẩn tấn công vào một phần của cây, những tế bào ở đó sẽ tự huỷ để tránh lây lan mầm bệnh, đồng thời những hợp chất độc cũng được tạo ra để loại bỏ kẻ xâm nhập.
Ngoài ra, khi một bộ phận bị tấn công có thể báo hiệu cho các vùng khác bằng hormon và các tín hiệu điện, khi nhận được những tín hiệu này các phần khác của cây sẽ tăng tiết các hợp chất phòng vệ. Nhưng chưa hết, chúng thậm chí còn có khả năng phát ra những hợp chất cảnh báo các cây gần đó để có thể tự tiết chất chống côn trùng sớm hơn.
Một số cây còn có thể gọi đồng minh để tạo ra để xua đuổi những kẻ tấn công. Cây bông khi bị tấn công bởi sâu bướm sẽ tiết ra hợp chất đặc biệt vào không khí, hợp chất này thu hút ong ký sinh đẻ trứng vào sâu bướm.
Không như động vật sử dụng răng và móng để đánh bại kẻ thù, thực vật sở hữu các vũ khí lợi hại, hoá chất dồi dào, cảnh báo từ hàng xóm và hợp tác khác loài, thấy hiền hiền thế thôi chứ không phải lúc nào cũng dễ xơi đâu!