Ngoài cái được, mặt trái của "thời đại kháng sinh" bắt đầu lộ dần, con người phải trả giá cho sự lạm dụng, hiện tượng kháng thuốc và rất nhiều mối nguy khác mà mọi người vẫn chưa lường hết.
"Báo hại" vi khuẩn có lợi
Một trong những mặt trái của việc lạm dụng thuốc kháng sinh dài kỳ là gây hại cho khuẩn thân thiện. Thực tế, kháng sinh có phổ rộng tiêu diệt cả vi khuẩn xấu và tốt. Vì vậy nếu dùng không đúng hướng dẫn, lạm dụng sẽ tiêu diệt cả khuẩn có lợi có trong đường ruột, làm mất cân bằng mang tính tự nhiên của cơ thể. Một khi bị mất cân bằng, khuẩn xấu hoành hành, dễ phát sinh nhiều bệnh nan y, như rối loạn dạ dày, làm cho các chứng bệnh nghiêm trọng hơn và làm giảm hiệu quả của thuốc kháng sinh.
Có thể bổ sung các chế phẩm sinh học, đặc biệt là sau một giai đoạn dùng kháng sinh. Nên tham khảo bác sĩ về chế phẩm sinh học để sử dụng cho phù hợp, kể cả nhóm người bị u xơ ruột, vi khuẩn đã thâm nhập các bộ phận của cơ thể.
Tăng nguy cơ mắc bệnh tự miễn đường ruột
Bệnh tự miễn xảy ra một khi hệ miễn dịch cơ thể không làm đúng chức năng. Lạm dụng kháng sinh dài kỳ có thể phá vỡ sự cân bằng này, gây ảnh hưởng đến hệ miễn dịch và một khi bị tổn thương, có thể dẫn đến rối loạn tự miễn hoặc phát sinh bệnh mạn tính hoặc nhiễm trùng.
Bệnh tự miễn dịch là nhóm bệnh trong đó hệ thống miễn dịch của cơ thể nhắm nhầm mục tiêu, nói cách khác là tấn công lại chính cơ thể. Đến nay, khoa học vẫn chưa hiểu ngọn ngành về hiện tượng nói trên, nhưng việc làm thay đổi trạng thái cân bằng của cơ thể là nguyên nhân phát sinh bệnh. Theo một nghiên cứu năm 2006, những thay đổi trong mô ruột (đặc biệt là tăng tính thấm do sự mất cân bằng vi khuẩn đường ruột) chính là nguyên nhân làm tăng nhiều bệnh tự miễn, như bệnh Crohn (bệnh viêm đường ruột) và bệnh Celiac (bệnh tiêu chảy phân mỡ)...
Lạm dụng kháng sinh dễ gây tổn thương gan.
Gia tăng bệnh hen suyễn, dị ứng
Hen suyễn là căn bệnh có thể đe dọa đến tính mạng nếu không được quản lý và điều trị kịp thời, đúng cách, nhất là khi tiếp xúc quá nhiều chất kích thích. Theo nghiên cứu công bố năm 2009, sử dụng kháng sinh, đặc biệt là trong giai đoạn còn trẻ dễ làm tăng nguy cơ gây bệnh hen suyễn, bệnh viêm mũi màng kết (rhinoconjunctivitis) và eczema ở trẻ em nhóm tuổi đi học. Vì lý do này, mỗi khi dùng kháng sinh, các bậc phụ huynh cần thận trọng, để không gây ảnh hưởng đến sức khỏe của con trẻ trong tương lai.
Gây tổn thương gan
Nhóm người được kê kháng sinh mạnh thường phải qua khâu xét nghiệm chức năng gan để có cơ sở kê đơn. Điều này cho thấy, thuốc kháng sinh là "khắc tinh" đối với gan. Nhiều nghiên cứu cho thấy, thuốc kháng sinh rất hại cho mô gan, làm cho các chỉ số xét nghiệm chức năng gan như AST và ALT tăng vọt. Azithromycin, loại thuốc kháng sinh được dùng phổ biến, nhưng cũng rất dễ gây tổn thương gan. Hai tuần sau khi điều trị kháng sinh nên làm các xét nghiệm chức năng gan, sẽ thấy được những bất thường liên quan đến sức khỏe gan.
Tăng nguy cơ ung thư
Theo nghiên cứu của các nhà khoa học Phần Lan, sau khi so sánh dữ liệu của người sử dụng kháng sinh dài kỳ với bệnh nhân ung thư đã phát hiện thấy nhiều điều bất ổn. Chẳng hạn, sử dụng kháng sinh trong thời gian dài làm tăng nguy cơ ung thư tuyến tiền liệt, ung thư vú, phổi, ruột kết, buồng trứng, nội tiết, da, tuyến giáp và ung thư thận cao gấp 1,5 lần so với nhóm không dùng kháng sinh, cả nam giới lẫn phụ nữ.
Tăng cân
Theo các nghiên cứu được thực hiện và công bố năm 2014 và 2015, khoa học phát hiện thấy sử dụng thuốc kháng sinh liên quan đến tăng cân ở nhóm trẻ sơ sinh và lẫm chẫm biết đi. Trước các nghiên cứu này, nhiều người cho rằng sử dụng kháng sinh không liên quan đến tăng cân hoặc dư thừa trọng lượng mà nguyên nhân chính là ăn uống thiếu cân bằng và lười vận động. Với phát hiện trên, khi sử dụng bất kỳ loại thuốc nào cho trẻ nhỏ, các bậc cha mẹ cần lưu tâm, tư vấn bác sĩ cẩn thận, tránh lạm dụng, nhất là thuốc kháng sinh.
Tạo ra "siêu" vi khuẩn
Sử dụng thuốc kháng sinh tùy tiện, nhất là dùng tự ý, không theo đơn của bác sĩ có thể chuyển "phúc" thành "họa", tạo ra hiện tượng siêu khuẩn kháng thuốc. Khi vi khuẩn liên tục tiếp xúc với một loại thuốc nào đó, nó trở nên nhờn thuốc, như hiện tượng gia tăng khuẩn MRSA (Methicillin-resistant Staphylococcus aureus, tụ cầu vàng kháng Methicillin), vi khuẩn gây nhiễm trùng "staph" không đáp ứng điều trị khi dùng kháng sinh thông thường. Hay MDR TB (bệnh lao kháng đa thuốc) và gần đây người ta còn phát hiện thấy xuất hiện chủng ký sinh trùng sốt rét ở vùng Đông Nam Á kháng thuốc.
Giải pháp thay thế thuốc kháng sinh
Trong khi khoa học chưa hiểu rõ ngọn ngành nguyên nhân kháng thuốc kháng sinh cũng như sự tiến hóa của loài vi khuẩn, giới y học khuyến cáo mọi người nên dùng thảo mộc thay thế.
Ví dụ như tỏi vừa là thực phẩm, gia vị lại có hiệu quả không kém gì kháng sinh, nhất là trong trường hợp ngộ độc thực phẩm do vi khuẩn. Hoặc dùng một số kháng sinh thảo dược thay cho ibuprofen, như cao khô vỏ cây liễu trắng (white willow bark), cây móng mèo (cats claw - thảo dược ở vùng nhiệt đới Nam Mỹ), Boswellia (thảo mộc có khả năng kháng viêm, điều chế từ phần nhựa của cây boswellia, loại cây bản địa ở Ấn Độ. Nhựa loài cây này có mùi hương được cho rằng ngăn chặn leukotrienes, hóa chất gây hại tế bào khớp khỏe mạnh, capsaicin (hoạt chất chiết từ quả chín khô của một số loài ớt), curcumin (thành phần chính của curcuminoit, có trong củ nghệ) và các loại dầu thơm...