Qua kết quả phân tích gene mẫu máu rùa sống tại hồ Hoàn Kiếm, các nhà khoa học khẳng định: Rùa hiện sống tại hồ Hoàn Kiếm cùng loài với rùa thu thập tại Quảng Phú (Thanh Hóa), Suối Hai, Hương Ký (Hà Nội).
Theo kết quả phân tích ADN do TS Lê Trần Bình, Viện Công nghệ Sinh học (Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam), công bố, rùa Hồ Gươm là loài rùa lớn mai mềm nước ngọt đặc hữu của Việt Nam, được đặt tên là Rafetus Vietnamensis.
Để làm rõ nguồn gốc của loài rùa lớn mai mềm nước ngọt của Việt Nam, trong đó có rùa lớn đang sinh sống tại hồ Hoàn Kiếm, Hà Nội, từ năm 2003, các nhà khoa học thuộc Viện Công nghệ Sinh học đã khảo sát và thu thập các mẫu rùa lớn từ nhiều địa phương thuộc lưu vực sông Hồng, sông Đà, sông Mã, sông Chu.
Cụ thể, các mẫu xương rùa lớn đã được thu thập tại Quảng Phú (Thanh Hóa), Suối Hai, Hương Ký (Hà Nội). Kết quả xác định trình tự gene của các rùa này được đăng ký trong Ngân hàng gene quốc tế; khẳng định các mẫu xương rùa thu nhận tại các địa điểm trên đều cùng một loài và khác biệt với loài rùa Rafetus swinhoei (Thượng Hải, Trung Quốc).
Qua kết quả phân tích gene mẫu máu rùa hiện sống tại hồ Hoàn Kiếm, các nhà khoa học của Viện Công nghệ Sinh học khẳng định: Rùa hiện sống tại hồ Hoàn Kiếm là cùng loài với rùa thu thập tại Quảng Phú (Thanh Hóa), Suối Hai, Hương Ký (Hà Nội), và đây là loại rùa lớn mai mềm nước ngọt đặc hữu của Việt Nam.