Trong khi nhiều loài sinh vật quý hiếm khác đã và đang bị giảm sút số lượng nghiêm trọng thì nhiều sinh vật ngoại lai như Ốc bươu vàng, cây Mai dương... lại “xâm nhập” môi trường gây ra những hậu quả xấu đối với môi trường và đa dạng sinh học.
Tổng số các loài động - thực vật hoang dã trong thiên nhiên của nước ta đang bị đe dọa hiện nay là 882 loài (được ghi trong Sách Đỏ năm 2007) tăng 161 loài so với lần xuất bản Sách Đỏ trước đây (năm 1992 - 1996).
Hiện có tới 9 loài động vật (Tê giác 2 sừng, Bò xám, Heo vòi, Cầy rái cá, cá Chép gốc, cá Chình Nhật, cá Lợ thân thấp, Hươu sao, cá Sấu hoa cà) và 2 loài Lan hài được xem là đã tuyệt chủng ngoài tự nhiên.
Nhiều loài sinh vật quý hiếm khác đã và đang bị giảm sút số lượng nghiêm trọng. Việc tăng nhanh độ che phủ của rừng là một tín hiệu tốt nhưng một nửa diện tích rừng tăng lên là rừng trồng và rừng phục hồi giá trị đa dạng sinh học không cao. Trong khi đó rừng nguyên sinh không còn nhiều và vẫn tiếp tục bị suy giảm.
Phá rừng làm mất cân bằng sinh thái, đe doạ sự đa dạng sinh học.
Các chuyên gia về lĩnh vực đa dạng sinh học cho rằng: Nguyên nhân dẫn đến thực trạng này là do ở Việt Nam 70% dân số có sinh kế phụ thuộc nhiều vào tài nguyên đa dạng sinh học. Hoạt động khai thác gỗ và lâm sản ngoài gỗ trái phép đã và đang diễn ra ngày càng trầm trọng và không thể kiểm soát đối với tất cả các loại rừng. Khoảng 1/5 dân số Việt Nam sinh sống dựa vào đánh bắt thủy sản nhưng do sự gia tăng mức độ tiêu thụ, cộng với việc quản lý đánh bắt kém hiệu quả dẫn tới việc khai thác một cách quá mức, thiếu bền vững.
Mặt khác do có sự thay đổi nhanh về kinh tế, nên mô hình tiêu thụ của xã hội cũng đã thay đổi và mạng lưới giao thông mở rộng làm cho nhiều vùng giàu đa dạng sinh học trở nên dễ tiếp cận hơn đối với các thị trường bên ngoài. Những thay đổi đó đã dẫn tới việc khai thác quá mức làm cạn kiệt tài nguyên đa dạng sinh học.
Sự xâm nhập các loài sinh vật ngoại lai như Ốc bươu vàng, cây Mai dương... gây ra những hậu quả xấu đối với môi trường và đa dạng sinh học. Các loài ngoại lai này lấn át, loại trừ và làm suy giảm các loài sinh vật và nguồn gen, phá vỡ cấu trúc và chức năng của hệ sinh thái, phá hại mùa màng, làm giảm năng suất cây trồng, vật nuôi, thậm chí ảnh hưởng cả đến sức khỏe con người. Bên cạnh đó, môi trường bị ô nhiễm do các chất thải khác nhau không được xử lý và đổ trực tiếp ra môi trường bên ngoài là nguyên nhân đe dọa tới đa dạng sinh học như gây chết, làm giảm số lượng cá thể, gián tiếp làm hủy hoại nơi cư trú và môi trường sống của nhiều loài sinh vật hoang dã.
Hơn nữa, Việt Nam là nước đặc biệt nhạy cảm với các tác động của biến đổi khí hậu toàn cầu. Các hệ sinh thái bị chia cắt, chắc chắn sẽ phản ứng kém cỏi hơn trước những sự thay đổi này và có thể không tránh khỏi sự mất mát các loài sinh vật với tốc độ rất cao