Ninja là ai? Họ làm những việc gì và nhận lệnh từ ai? Liệu họ có thực sự giống như trên phim ảnh hay truyện tranh?
Iga và Koga là hai trường phái đáng chú ý nhất bởi hệ thống đào tạo ninja của họ. Đó không phải là công việc duy nhất của họ, cũng như không phải chỉ có mình họ đào tạo ninja, nhưng họ thực sự nổi tiếng, hay nói cách khác, là tai tiếng bởi ninja của mình.
Hơn nữa, Iga và Koga cũng không phải là một đảng phái ninja. Họ vẫn là hai vùng và đảng phái như bất kì nơi nào khác và họ cũng chẳng phải những cộng đồng ninja huyền bí nào cả. Đơn giản là, hai trường học của hai trường phái ninja khác nhau được đặt tên theo vùng địa lý của mình, Igaryuu và Kogaryuu.
Vốn dĩ có rất nhiều điều huyền bí và bí ẩn xung quanh ninja và nghệ thuật của họ. Và điều này không hoàn toàn do vô tình. Một trong những thế mạnh lớn nhất của ninja là việc không một ai biết bất cứ điều gì về họ và tại sao họ có thể làm được những điều kì lạ như vậy.
Vốn dĩ có rất nhiều điều huyền bí và bí ẩn xung quanh ninja và nghệ thuật của họ.
Đôi khi, người ta có thể nghe được một vài chiến công và tự thổi phồng nó lên. Khi khác, chính ninja sẽ tự tung những tin đồn khủng khiếp về họ. Và rõ ràng điều này rất tốt cho công việc, khi có những lời đồn thổi như việc bạn có trong tay những siêu sát thủ không thể bị phát hiện, một tá những lời mời sẽ tìm đến với bạn.
Những gì ninja có thể làm đựa trên ba yếu tố cơ bản: Thể chất, đầu óc, và sử dụng những vũ khí và dụng cụ đặc biệt.
Không phải ai cũng có thể trở thành ninja. Trước nhất, mọi ninja đều là Samurai. Vẫn có những người không phải samurai và vẫn tham gia vào các hoạt động gián điệp hay ám sát, nhưng họ sẽ không được công nhận là ninja thực thụ. Và nó cũng yêu cầu một thể chất khỏe mạnh, bền bỉ và thăng bằng một cách khủng khiếp. Điều quan trọng nhất mà ninja được đào tạo không phải là việc có thể tạo ra ảo ảnh hay biến mất sau làn khói, mà là sức mạnh của thân trên và thân dưới, đặc biệt là phần trung tâm cơ thể và xây dựng một nhận thức cực tốt về thăng bằng.
Mọi ninja đều là Samurai.
Hơn nữa, họ cũng cần đến một trí thông minh hơn người cũng như sự kiên trì, cũng giống như những gì cần ở thể chất. Sự hiểu biết về chiến thuật quân sự và đánh giá sức mạnh quân sự sẽ được mài dũa và phát triển một cách tự nhiên. Công việc chính của ninja không phải là ám sát mà là thu thập thông tin. Đôi khi họ sẽ được yêu cầu có mặt mọi lúc mọi nơi, lấy được nhiều thông tin nhất có thể trong thời gian ngắn nhất, và quay về thông báo cho chủ nhân. Khi khác họ sẽ phải thâm nhập vào các tổ chức hay dinh thự. Không phải ai cũng biết được những điều này, nhưng ninja sẽ được mặc định là samurai cũng như những gián điệp ngầm.
Kỹ nghệ, vũ khí và công cụ kì bí của ninja thực sự chúng cũng không phải là những thứ gì không tưởng, mà vốn là những giáo lý và công cụ rất thực tiễn.
Bí ẩn trong kỹ năng hay "ninjutsu" của ninja không phải là việc làm sao để đào tạo ra những người có những khả năng siêu nhân như nhảy qua những tòa nhà hay tạo ra ảo ảnh mọi lúc có thể. Thực chất, rất nhiều kỹ năng ninjutsu hào nhoáng đều dựa trên một điều rằng sẽ có nhiều ninja làm việc theo nhóm, nhưng họ sẽ thực hiện công việc khiến cho ta tưởng như chỉ có một người.
Về cơ bản, ninjutsu dạy con người ta cách để chiến đấu trong một cuộc chiến tình báo cũng như việc kiểm soát thông tin.
Ninjutsu được viết trong sách giảng dạy thường sẽ nói về cách để có thể đánh giá chính xác lực lượng quân sự của kẻ địch, lên kế hoạch chiến tranh tổng thể, làm sao để di chuyển qua biên giới mà không bị phát hiện, kỹ thuật tình báo cũng như phản gián chuyên sâu. Về cơ bản, ninjutsu dạy con người ta cách để chiến đấu trong một cuộc chiến tình báo cũng như việc kiểm soát thông tin, điều cực kì cần thiết cho việc lên kế hoạch chiến đấu. Kỹ thuật thể chất như "biến mất" hay "trèo tường" chỉ là những thứ rất phụ trong huấn luyện.
Ninja luôn có một danh sách dài các chiến công đơn giản bởi người đứng đầu của họ luôn tuyển chọn những người tuyệt vời nhất. Đào tạo và luyện tập vẫn sẽ giúp họ có và phát triển thêm những kỹ năng mới, nhưng ngay cả khi không có chúng, họ vẫn sẽ là những cơn ác mộng sống đối với những ai phải đối đầu.
Khi bị phát hiện, thể chất hơn người và ninjutsu chính là những thủ thuật trốn thoát dựa trên những khiếm khuyết của cách mà đầu óc người thường nhìn nhận mọi thứ. Có thể nói, ninjutsu chính là một sự nghiên cứu chuyên sâu về cách mà bộ óc con người hoạt động, để ninja có thể hiểu rõ và khai thác chúng.
Họ có thể sẽ mặc đồ tu sĩ hay hóa trang thành ăn xin khi di chuyển để tránh bị phát hiện.
Lấy ví dụ, họ không hề mặc những bộ đồ chiến đấu bó sát và chỉ có một màu đen. Khi bình thường, bởi vốn dĩ là những samurai, họ sẽ mặc những bộ kimono nhẹ và nhạt màu. Họ có thể sẽ mặc đồ tu sĩ hay hóa trang thành ăn xin khi di chuyển để tránh bị phát hiện. Đôi lúc, họ lại hóa thân thành những người biểu diễn và tìm cách thu hút càng nhiều sự chú ý càng tốt, một loại tâm lý học ngược. Ý tưởng nằm ở việc một samurai sẽ không bao giờ hạ mình đến mức như vậy và kẻ địch sẽ chẳng bao giờ nghĩ đến việc tên thầy tu hành khất kia lại đang thăm dò quân lực của mình cả.
Những kỹ năng nổi tiếng khác như nhảy qua độ cao lớn (phối hợp đồng đội), tạo ra ảo ảnh để trốn thoát (sử dụng đá, khói và cùng với sự trợ giúp từ đồng đội làm mất tập trung của kẻ địch), và biến mất ngay trước mắt (Ninja thực sự khéo léo chả khác gì những ảo thuật gia).
Tuy những điều này nghe có vẻ rõ như ban ngày, nhưng nó còn mang ý nghĩa rộng hơn nữa. Cũng giống như việc cái nhìn và độ phức tạp của nghệ thuật thay đổi qua lịch sử, chiến chuật và nhận thức cũng phát triển phức tạp y như vậy. Những điều này nhìn có vẻ đơn giản nhưng thực sự là chúng có hiệu quả cho dù là bây giờ hay hàng trăm năm trước đây.
Ninja đôi khi cũng được thuê để làm chiến binh ngoài chiến trường. Và họ đơn giản cũng rất giỏi việc này, bởi họ là những samurai. Họ mài dũa cơ thể mình như bất kì chiến binh nào, và họ sẽ chẳng có một chút bất lợi nào chỉ vì được gọi là ninja.
Ninja đôi khi cũng được thuê để làm chiến binh ngoài chiến trường.
Việc ninja phơi mình ra như vậy đôi khi làm tổn thương những người có những ảo tưởng về ninja là nhưng siêu sát thủ-điệp viên mật- thợ săn bóng đêm-người dơi. Nhưng sự thật là sự thật, ninja là những chiến binh như bất kì ai khác, với những trọng trách cũng như tài năng mà người ta cần ở họ. Về bản chất, ninja đáng ra không nên bị tách biệt với samurai, ninja hay samurai cũng giống như lực lượng đặc công thời nay vậy. Họ có được sự ưu đãi không phải bởi khả năng tàng hình riêng biệt, mà chính là bởi những kinh nghiệm và tài năng tích lũy được từ hàng ngàn giờ luyện tập.
Lý do chủ yếu để thuê ninja là thu thập thông tin, bởi ám sát là việc rất khó để đảm bảo, cho dù có thành công, thì đó cũng hiếm khi là một lựa chọn đúng đắn. Thực tế, ám sát thường rất ít khi xảy ra bởi giết người là một công việc có giá rất cao và tốn thời gian, cũng như chẳng hiệu quả như một vài người nghĩ, cho dù là xưa hay nay.
Tư tưởng của các trường ninja chủ yếu dựa trên Binh pháp Tôn Tử và Thiền Phật giáo. Việc chiến thắng mà không cần giao chiến sẽ là chiến công lớn nhất. Những ninja mà chỉ đi ám sát và chiến đấu suốt cuộc đời chỉ là những kẻ thấp kém nhất. Trong khi những người làm tình báo luôn là những kẻ được coi trọng.
Ninja chủ yếu được sử dụng để ngăn chặn ám sát bằng cách phản gián và theo dõi. Lợi thế lớn nhất của họ là ẩn mình, không ai có thể biết được họ đang theo dõi tên sát thủ hay kể cả ninja khác.
Ninja thực sự là những kẻ kiệt xuất, bậc thầy của những lĩnh vực họ đã chọn cho dù đó là tình báo, phá hoại hay ám sát. Họ xuất hiện nhiều nhất tại thời kỳ Oda Nobunaga, Tokugawa Ieyasuvà Toyotomi Hideyoshi đang giao chiến để tranh giành ngồi quyền Nhật Bản. Những người này chính là nguồn thuê nhân lực chính của ninja theo một cách có quy củ.