Tuy đã dự đoán rằng Cooper có thể sẽ đáp xuống một khu vực nằm ở cực nam của núi St. Helens, vài dặm về phía đông nam thành phố Ariel, bang Washington, gần hồ Merwin, một hồ nước nhân tạo hình thành bởi con đập trên sông Lewis nhưng một chi tiết rất quan trọng là sau khi ra khỏi máy bay, Cooper vẫn có thời gian rơi tự do trước khi mở dù - nếu ông ta thành công trong việc mở dù.
Chính khoảng thời gian rơi tự do - ước chừng 5 giây - cộng với những cơn gió lớn tạo ra bởi trận mưa giông cũng đủ để Cooper bay xa vị trí mà FBI dự đoán vài km. Còn nếu Cooper là một tay nhảy dù lão luyện thì việc thoát ly bãi đáp cả chục km là chuyện bình thường…
21 giờ ngày 24/11, nghĩa là chỉ gần 1 tiếng kể từ khi Dan Cooper nhảy dù - cuộc truy lùng tên không tặc bắt đầu. Hàng trăm cảnh sát, vệ binh quốc gia lẫn các đặc vụ FBI với trực thăng, chó nghiệp vụ, quần nát từng mét vuông tại khu vực nghi ngờ Cooper đáp xuống. Họ tập trung vào các hạt Clark và Cowlitz, khám xét từng căn nhà, từng mảnh vườn, lùm cây, bụi rậm nằm trong 2 hạt này. Bên cạnh đó, các tàu tuần tra cũng không bỏ sót bất kỳ một dấu vết nghi ngờ trên hồ Merwin và hồ Yale nhưng kết quả thì vẫn mù mịt.
Cảnh sát và Vệ binh quốc gia bang Oregon xuất phát truy lùng Dan Cooper.
Tom Cunningham, phi công trực thăng thuộc Lực lượng Vệ binh quốc gia bang Oregon tham gia cuộc truy lùng kể lại: “Cùng với những trực thăng khác, tôi bay từ Seattle đến Reno. Chỉ cần nhìn thấy một ngọn cây bị gãy hoặc những vật thể giống như chiếc dù hoặc chiếc túi là tôi được lệnh hạ thấp độ cao để các đặc vụ FBI quan sát, chụp hình. Tuy nhiên sau khi phân tích, những dấu hiệu ấy chẳng có liên quan gì đến vụ đòi tiền chuộc”.
Những ngày tiếp theo, những trận bão tuyết mùa đông đã gây cản trở cho việc tìm kiếm. Chân dung Cooper được FBI vẽ lại theo mô tả của các nhân chứng rồi được phát hành ở tất cả các bang, từ Washington, Oregon đến California, chưa kể trên hệ thống các kênh truyền hình và các tờ báo.
Cùng lúc, các phân tích được tiến hành một cách tỉ mỉ đã chỉ ra rằng dự đoán của FBI và của FAA về khu vực mà Cooper nhảy dù là không chính xác bởi lẽ dữ liệu thu được từ chiếc máy bay do cơ trưởng Tom Bohan của Hãng Hàng không Continental Airlines, bay sau chiếc Boeing 727 chỉ 4 phút, trên cùng một lộ trình cho thấy hướng gió có thể đã đẩy chiếc dù của Coope đi lệch 80 độ, nghĩa là Cooper phải hạ cánh xuống phía đông nam, trong khu vực thoát nước ở cửa sông Washougal.
Đầu tháng 3/1972, ngay khi tuyết vừa tan, FBI cùng 200 binh sĩ ở căn cứ Fort Lewis, 500 Vệ binh Quốc gia bang Oregon cùng gần 800 tình nguyện viên dân sự, 24 máy bay, tiến hành tìm kiếm toàn diện các điểm nghi ngờ. Công ty Explorations Electronic, chuyên về cứu hộ hàng hải đã sử dụng một tàu ngầm để dò quét ở độ sâu 61m dưới đáy hồ Merwin.
Đây được coi là chiến dịch tìm kiếm hình sự rộng rãi nhất, chuyên sâu nhất trong lịch sử nước Mỹ, kéo dài suốt 1 tháng 18 ngày. Kết quả ngoài một bộ xương người được 2 phụ nữ phát hiện trong một ngôi nhà bỏ hoang ở hạt Clark - mà sau này FBI xác định đó là xương của một thiếu niên bị bắt cóc và bị giết vài tháng trước đó, thì chẳng hề có một dấu tích nào về tên không tặc Dan Cooper.
Những tờ 20 USD mủn nát trong tổng số 200.000USD tiền chuộc.
Và trong khi chưa tìm được Dan Cooper, FBI quay sang 200.000USD tiền chuộc. Bằng cách công bố số series cho các tổ chức tài chính, các sòng bạc, các trường đua ngựa, cửa hàng, siêu thị, các hãng thuê mướn xe hơi và các doanh nghiệp thường xuyên thực hiện giao dịch bằng tiền mặt trên toàn nước Mỹ, FBI kêu gọi họ liên lạc ngay với FBI nếu phát hiện người nào đó trả tiền trùng với số series này. Hãng Hàng không Northwest Orient cũng tuyên bố sẽ thưởng 15% tiền chuộc (25.000USD) cho bất cứ ai cung cấp thông tin dẫn đến việc tìm ra tung tích của Dan Cooper - dù còn sống hay đã chết.
Suốt 1 năm sau đó, bóng đêm vẫn che phủ vụ không tặc. Đầu năm 1973, tờ Oregon Daily cho công bố lại số series của 200.000USD kèm với phần thưởng 1.000 USD cho bất kỳ người nào có tờ 20USD trùng với số series của 200.000USD, còn FBI thì tăng tiền thưởng lên 5.000USD nhưng đến hết năm 1974, vẫn chẳng thu được kết quả gì. Cuối năm 1975, Công ty Bảo hiểm toàn cầu, theo lệnh Tòa án tối cao bang Minnesota, đã bồi thường 180.000 USD cho Hãng Northwest Orient,
Sau hơn 4 năm truy lùng mà chẳng mang lại kết quả nào, vụ không tặc đòi 200.000USD tiền chuộc dần đi vào quên lãng nhưng FBI vẫn không bỏ cuộc. Năm 1978, một tấm bảng hướng dẫn cách mở cửa lên xuống phía sau của một chiếc Boeing 727 được một thợ săn hươu tìm thấy gần một con đường khai thác gỗ về phía đông Castle Rock, bang Washington nhưng qua xác minh, nó không phải của chiếc máy bay bị cướp.
Đặc vụ FBI đào bới khu vực cậu bé Brian Ingram tìm thấy 3 gói tiền.
Đến tháng 2-1980, cậu bé Brian Ingram, 8 tuổi, lúc đi cắm trại cùng gia đình ở bờ sông Columbia, bang Washington, đã nhìn thấy 3 gói bọc giấy dầu khi cậu nhặt củi nhóm lửa. Mở ra xem, cha cậu bé thấy 3 gói ấy - trong đó có 2 gói - mỗi gói chứa 100 tờ 20USD.
Riêng gói thứ 3 chứa 90 tờ. Trải qua 9 năm phơi mưa hứng nắng, lớp giấy dầu bọc bên ngoài nhiều chỗ đã mủn nát nhưng tất cả những đồng tiền vẫn nằm đúng thứ tự, sắp xếp theo biện pháp nghiệp vụ của FBI trước khi giao cho Dan Cooper.
Tiến hành kiểm tra, phân tích, FBI khẳng định đó chính là một phần nằm trong 200.000USD tiền chuộc mặc dù nhiều tờ tiền ở lớp ngoài đã bị hỏng. Và bởi vì ngoài 3 gói tiền, không hề có thêm một dấu vết nào khác nên lại xuất hiện những giả thuyết. Theo những kỹ sư thủy văn, địa điểm đáp xuống của Dan Cooper có thể là một nhánh sông nào đó chảy vào sông Washougal rồi vì một nguyên nhân nào đó, chẳng hạn như tiền rơi ra trong khi Cooper tiếp đất nên khi tuyết tan, nó mới trôi xuống nơi này.
Cuối năm 2007, FBI thông báo rằng các mẫu ADN thu được từ chiếc cravate và trên đầu lọc của mẩu thuốc lá mà Cooper đã hút, không trùng khớp với mẫu DNA của các đối tượng tình nghi. Bên cạnh đó, FBI cũng thông báo rằng Cooper đã nhảy ra khỏi máy bay bằng một chiếc dù cũ chứ ông ta không sử dụng chiếc dù thể thao còn mới, nhưng Cooper cắt chiếc dù thể thao làm nhiều mảnh, có thể được dùng để bọc túi tiền và giữ ấm cho cơ thể ông ta
Đến tháng 3-2009, Tom Kaye, một nhà cổ sinh vật học thuộc Bảo tàng Lịch sử và Văn hóa Tự nhiên Burke ở thành phố Seattle cho biết qua phân tích chiếc cravate của Cooper bằng kính hiển vi điện tử, Tom Kaye thấy nó có dính những hạt bismut, nhôm và titan nên Dan Cooper có thể là một nhà hóa học hoặc một nhà luyện kim, hoặc cũng có thể là kỹ sư hay quản lý trong một nhà máy sản xuất kim loại, hóa chất, chẳng hạn như các nhà máy của Công ty Portland Teledyne và Tektronix ở bang Washington nhưng khi FBI xác minh, từ cuối năm 1971 đến hết năm 1972, ở các nhà máy này, chẳng có kỹ sư hay công nhân nào bỏ việc.
Phản bác lại xác minh của FBI, Tom Kaye nói: “Thủ phạm đâu cần phải bỏ việc. Nếu anh ta trở lại chỗ làm vào sáng thứ hai để tránh mọi nghi ngờ thì thời gian tốt nhất cho vụ không tặc là trước 4 giờ chiều thứ bảy. Khi ấy, anh ta có cả một đêm thứ bảy và nguyên ngày chủ nhật để ra khỏi khu rừng, nơi anh ta nhảy dù xuống sau khi đã chôn giấu 200.000USD. Chỉ duy nhất một điều anh ta không lường đến là toàn bộ số tiền đã bị ghi lại số series và được thông báo công khai nên đó chính là lý do vì sao anh ta thực hiện thành công vụ cướp, nhưng không quay lại để lấy tiền…”.
Theo đặc vụ FBI Larry Carr, người chỉ huy công tác điều tra vụ Dan Cooper thì suy luận Tom Kaye chỉ mang tính một chiều: “Ban đầu chúng tôi tin Cooper là một tay nhảy dù có kinh nghiệm nhưng sự thật chưa chắc đã như vậy. Không một người nhảy dù nào lại ra khỏi máy bay trong một đêm tối đen, gió từ cơn giông thổi 120km/giờ mà chỉ đi đôi giày lười, mặc mỗi chiếc áo khoác, đầu không mũ bảo hiểm, mắt không kính chắn gió, nhiệt độ dưới mặt đất âm 57 độ C. Chắc chắn Cooper sẽ không sống sót ngay cả khi ông ta đáp xuống an toàn nếu ông ta không có người đợi sẵn ở dưới đất”.
Tuy nhiên, giả thuyết vẫn chỉ là giả thuyết. Cuối cùng, FBI đành bằng lòng với kết luận Dan Cooper là kẻ rất quen thuộc với địa hình khu vực Seattle và có thể đã từng là một phi công quân sự, dựa trên lời khai của tiếp viên Schaffner rằng ông ta nhận ra thành phố Tacoma từ trên cao khi chiếc Boeing 727 lượn vòng, cũng như sự nhận định chính xác của ông ta với tiếp viên Mucklow “chỉ mất 20 phút lái xe từ sân bay Seattle-Tacoma đến căn cứ Không quân McChord” - một chi tiết mà hầu hết dân thường không thể biết.
Với 4 chiếc dù, Dan Cooper cố tình tạo ra tình huống giả nhằm đánh lạc hướng các nhà điều tra bằng cách ông ta có thể ép buộc 2 hoặc 3 con tin phải nhảy trước ông ta một vài phút. Việc chọn chiếc Boeing 727 để thực hiện vụ cướp cũng chứng minh Cooper hiểu rõ nó là loại máy bay hoàn hảo vì 3 động cơ phản lực đều nằm ở trên cao, người nhảy dù tránh được nguy cơ bị nướng chín bởi 3 luồng khí thải.
Ngày 8/7/2016, FBI chính thức công bố quyết định đình chỉ điều tra vụ cướp chiếc Boeing 727 cùng 200.000USD với lý do cần tập trung nguồn lực và nhân lực cho các vấn đề ưu tiên cấp bách hơn. Tuy nhiên, các văn phòng FBI địa phương vẫn sẽ tiếp tục thu nhận bất kỳ bằng chứng nào có liên quan cụ thể đến Dan Cooper hoặc số tiền chuộc.
Giữa năm 2017, một nhóm các nhà điều tra tình nguyện tìm thấy một dây đeo dù cũ có tuổi đời hàng chục năm ở vùng tây bắc bang Washington nhưng nơi này lại nằm gần bãi nhảy của một trường dạy nhảy dù tư nhân nên không có cơ sở để kết luận. Đến tháng 8 cùng năm, một nhóm khác tìm thấy một miếng xốp, loại thường thấy lót trong những chiếc túi xách, được cho là một phần của túi đựng tiền chuộc.
Gần đây nhất, tháng 4/2018, một nhóm những người trượt tuyết ở bang Washington nhặt được một chiếc “giày lười” gần như mục nát, chỉ còn lại phần đế cao su, nằm trên bãi sỏi ở bờ sông Lewis nhưng với tình trạng như thế, chẳng thể nào biết chắc nó có phải là của Dan Cooper hay không.
Cho đến nay, ngoài 2.900USD đã được tìm thấy, số còn lại trong tổng số 200.000USD chưa hề xuất hiện ở bất kỳ nơi đâu trên toàn thế giới. Số series của nó vẫn được FBI lưu trên trang web của họ. Phía không quân khẳng định họ không có người nào - kể cả đang tại ngũ lẫn đã giải ngũ - có khuôn mặt giống như khuôn mặt Dan Cooper mà FBI mô tả.
Giáo sư Tim Parker, chuyên khoa tâm lý Đại học Irwin kết luận: “Chỉ 2 người tiếp xúc với Dan Cooper nhiều nhất là tiếp viên Schaffner và tiếp viên Mucklow nhưng trong tình huống nguy hiểm, hồi hộp, căng thẳng, trí nhớ của họ về từng chi tiết trên khuôn mặt của tên không tặc có thể bị nhầm…”.