Dưới đáy vịnh Vân Phong có hàng nghìn sinh vật, trong đó nhiều loài có hình dáng kỳ lạ và màu sắc bắt mắt.
Nhiều năm qua, anh Mai Hoàng Kiên Kha, huấn luyện viên lặn biển có hơn 20 năm kinh nghiệm ở TP Nha Trang cùng học viên, đồng nghiệp khám phá các vịnh biển tại Khánh Hòa. Trong một dịp khám phá vịnh Vân Phong, anh bất ngờ khi thấy sinh vật dưới vịnh vô cùng phong phú. "Vịnh có nhiều sinh vật lạ, xung quanh có rạn san hô dài cả cây số, đa số là thân mềm, nhìn hoang sơ và rất đẹp", anh Kha nói, thêm rằng nơi đây sinh vật đa dạng, nhưng phù du nhiều, đáy bùn nên nước không trong bằng vịnh Nha Trang.
Cá hề sống cộng sinh tại "tổ ấm" hải quỳ dưới vùng biển sâu hơn 15 m. Chúng thường sử dụng một phần chất dinh dưỡng từ những xúc tu của hải quỳ và chia sẻ nguồn thức ăn, ngược lại hải quỳ dùng xúc tu gây tê liệt làm "vũ khí" chống lại kẻ địch.
Trứng cá hề bung nở ra hàng trăm con, có kích thước vô cùng nhỏ và hiếm gặp. Anh Kha cho biết bản thân "thật may mắn" khi bắt gặp được khoảnh khắc đặc biệt này.
Một dạng hải quỳ có từng nhánh xòe rộng, tạo thành hình cầu dưới đáy vịnh Nha Trang.
Cá bọ cạp quỷ, tên khoa học là Scorpaenopsis diabolus là loài ăn thịt, có nọc độc. Chúng thường ngụy trang dưới đáy biển để bắt mồi. "Chúng có những cái gai trên lưng, nếu thợ lặn không để ý chạm vào sẽ gây cảm giác đau nhức", anh Kha nói.
Một loài cua biển có tên khoa học Lissocarcinus orbicularis. Chúng thường chui vào hải quỳ để ẩn nấp kẻ thù.
Cá thuộc họ cá bống trắng, tên khoa học là Gobiidae. Chúng chủ yếu sống bám vào đá ở đáy biển và phần lớn ở vùng nhiệt đới, đẻ trứng chìm dưới đáy và trong hang. Đây là loài cá chịu được sự thay đổi nhiều của nồng độ muối trong nước, có khả năng thay đổi màu sắc phù hợp với môi trường xung quanh, chuyên bắt ấu trùng của động vật ở tầng đáy làm thức ăn.
Nhánh san hô mềm màu đỏ. Phía trên là một dòng cá bống trắng đang kiếm ăn. Tổng diện tích rạn san hô phân bố trong vịnh Vân Phong khoảng 1.618 ha, lớn nhất tại Khánh Hòa. Trong đó các khu vực có diện tích lớn gồm Vũng Ké (113 ha), Hòn Bịp (107 ha) và Xuân Tự (240 ha).
Tôm bạc hà, tên khoa học là Lysmata wurdemanni, được tìm thấy gần các rạn san hô vì đó là nơi kiếm thức ăn và cũng là điểm ẩn náu tốt. Chúng thường ăn các mảnh vụn, mô cá chết, vật chất hữu cơ đang phân hủy.
Mực nang nhỏ - bộ động vật nhuyễn thể thuộc lớp Cephalopoda. Mực nang có một lớp vỏ bên lớn, đồng tử hình chữ W, tám vòi và 2 xúc tu có các miệng hút có răng cưa để giữ chặt con mồi của chúng. Mực nang có kích thước từ 15 cm đến 25 cm, với loài lớn nhất, Sepia apama, có áo đạt chiều dài 50 cm và nặng hơn 10,5 kg
Một loài cá Spotfin Sculpin, có kích thước khoảng 12-15 cm. Theo tài liệu, tại các rạn san hô ở vịnh Vân Phong có 998 loài thuộc 648 giống và 175 họ của 6 nhóm sinh vật rạn chủ yếu (san hô cứng tạo rạn, cá rạn san hô, thân mềm, giáp xác, da gai và giun nhiều tơ).
Một loại sên biển, tên khoa học Nudibranch, là một loài động vật không xương sống với đa dạng kích thước, hình thù, màu sắc. Đây là loài lưỡng tính, tuổi thọ từ vài tuần đến cả năm. Chúng ăn tạp và món ăn ưa thích chủ yếu là tảo, bọt biển, hải quỳ, san hô, động vật chân tơ và cả một số loài sên biển khác.
Vịnh Vân Phong thuộc huyện Vạn Ninh và thị xã Ninh Hòa, có điều kiện tự nhiên thuận lợi, gồm các rạn san hô, rừng ngập mặn, thảm cỏ biển, các loài hải sản và được xem là một trong những khu vực có tiềm năng đa dạng sinh học cao.